《2001太空漫游》后9年,前国家航天委员会主任弗洛伊德博士(罗伊谢德 Roy Scheider 饰)接受苏美合作计划,带领发现号航天站设计者科脑博士(约翰利思戈 John Lithgow 饰)和HAL9000电脑的创始人钱德拉博士(鲍勃巴拉班 Bob Balaban 饰)再次在关键时刻遇到陈源这个大仇人,别看石青峰带领手下撤的时候很有气势,但他的心里肯定是窝火的。上次追杀星主殿的那些人,就是因为在关键时刻遇到陈源,而让他的任务功亏一篑,这一次又是在关键时刻出现了他。登录木星附近的苏联航空站,与苏联宇航员卡布珂(海伦米伦 Helen Mirren 饰)等合作,空中接轨美国发现号航天站,调查九年前的事故原因,探索木卫二的神秘黑石,并查明宇航员大卫伯曼(凯尔杜拉 Keir Dullea 饰)缘何神秘失踪。然而任务执行尚未过半,美苏关系愈发紧张,战争一触即发;与此同时,大卫伯曼竟突然现身对弗洛伊德博士发出神秘警告